Persyaratan keamanan pangan meliputi tiga aspek penting, yaitu sanitasi, cemaran, dan bahan tambahan pangan. Deputi III Badan POM Roy Sparringa mengatakan, semua produk pangan wajib menerapkan cara Produksi Pangan Olahan yang Baik, tak terkecuali untuk produk susu yang diperuntukkan bagi bayi dan anak harus menerapkan HACCP.

Adapun tentang persyaratan cemaran pada susu diatur dalam Peraturan Kepala BPOM No. 00.06.1.52.4011 tehun 2009 tentang penetapan Batas Maksimum Cemaran Mikroba dan Kimia dalam Makanan. Roy menjelaskan, isu tentang bakteri E. zakazaki  telah menjadi kewajiban yang harus dipenuhi oleh industri, sesuai dengan aturan CODEX. Adapun cemaran kimia yang menjadi perhatian antara lain cemaran logam berat, mikotoksin, antibiotik, dan sulfonamida. Sedangkan pengaturan penggunaan bahan tambahan pangan (BTP) telah diatur melalui Permenkes RI Nomor 722/menkes/per/IX/88 tentang Bahan Tambahan Makanan.

Tidak semua produk susu merupakan produksi industri. Beberapa di antaranya diproduksi oleh industri rumah tangga (IRT). Mengacu pada PP No.28 tahun 2004 tentang Keamanan, Mutu dan Gizi  pangan, pada pasal 43 menyatakan bahwa pangan olahan yang diproduksi IRT wajib memiliki sertifikat produksi pangan industri rumah tangga (SPPIRT) sebelum diedarkan.

Sedangkan Keputusan Kepala BPOM RI No. HK.00.05.5.1640 tahun 2003 tentang Pedoman Tata Cara Penyelenggaraan Sertifikasi Produksi Pangan Industri Rumah Tangga (SPP-IRT), yang menyatakan bahwa permohonan SPP-IRT tidak dapat dipenuhi apabila ijinnya adalah untuk produk berupa susu dan hasil olahannya. SPP-IRT hanya diperbolehkan jika pangan tersebut menggunakan perisa susu. Susu dan produk olahannya seperti susu pasteurisasi, yogurt, es  susu dan es krim sebelum diedarkan harus mendapat izin MD dari BPOM.

Produk pangan lainnya yang mengandung susu dan sering ditemukan sebagai pangan olahan hasil IRT dan diperbolehkan sebagai IRTP adalah kembang gula, kue kering, cake, roti/donat (produk bakery), dan kue pia. Perubahan peraturan ini disebabkan oleh kejadian keracunan produk susu dan olahnnya di Indonesia. Beberapa catatan penyebab keracunan adalah peredaran susu kadarluarsa, susu pasteurisasi yang salah penyimpanan, penyajian dan tidak higienis, dan lain-lain